Ich würde Dir den Media Coder empfehlen. Den gibt es sogar in einer 64Bit Version - der arbeitet echt flott und frisst eigentlich alle Formate...
Den Media Coder bekommst Du hier: MediaCoder - more than a universal audio/video transcoder - MediaCoder official website. Ich würde Dir dabei die Media Coder Full Edition empfehlen (das heißt, da sind alle Funktionen für Audio und Video enthalten). Die bekommst Du hier: MediaCoder - Download latest MediaCoder Full Pack.
Das Programm ist übrigens Freeware!