Magix oder Cuttermaran können nur TS mit MPEG2 verarbeiten, wobei bei Cuttermaran zuvor demuxt werden muss.

Für TS im HD Format (h.264) eignet sich da DGAVCIndex ganz hervorragend. Dannach müssen die erstellten Streams allerdings neu gemuxt werden. Am besten gleich zu MKV (mkvToolnix).

Oder Du versuchst es mit dem H264TS_Cutterr.