Das Problem mit dem verschobenen Ton tritt bei autoGK in der Regel mit DTS auf, damit kann das Programm anscheinend nicht richtig umgehen. Als Workaround zu autoGK empfielt es sich entweder, wenn die Originalquelle beibehalten wird (Standardeinstellung bei autoGK), als Tonquelle nicht die DTS, sondern die AC3-Tonspur auszuwählen. Natürlich nur wenn diese vorhanden ist, sollte aber bei den meisten DVD's der Fall sein. Leider kann autoGK den Ton auch nicht in AC3 umwandeln. Die andere Möglichkeit wäre DTS in MP3 zu wandeln (das kann autoGK), ist über die "Advanced Settings" (Step 4) einzustellen.
Im Zweifelsfalle könntest Du Dir als Alternative zu VirtualDub bzw. dessen Derivaten (NanDub, VirtualDubMod) auch einmal AVIdemux anschauen, das ist erheblich leichter zu bedienen und kann auch den Ton umwandeln.