Dann starte den JDownloader halt auch mit Teamviewer dann sollte es doch funzen?
Ansonston wenn du Jdownloader gestartet hast musst du ihn in der neuen Sitzung doch nicht neustarten sondern willst nur auf das Fenster zugreifen soweit ich das verstanden habe? Evtl kann man das mit der PID machen aber soviel erfahrung habe ich dort nicht.